Plus particulièrement, sa mission consiste notamment:1° à contribuer au développement, à la mise à jour, à la diffusion et à la mise en application des connaissances dans le domaine de la santé publique;
2° à informer le ministre des impacts des politiques publiques sur la santé et le bien-être de la population du Québec;
3° à informer la population sur son état de santé et de bien-être, sur les problèmes en émergence, leurs déterminants et les moyens efficaces de prévenir ou de résoudre ces problèmes;
4° à collaborer avec les universités à l’élaboration et à la mise à jour des programmes de formation de premier, deuxième et troisième cycles dans le domaine de la santé publique;
5° à élaborer et mettre en oeuvre, en collaboration avec les universités et les ordres professionnels concernés, des programmes de formation continue en santé publique;
6° en collaboration avec les différents organismes de recherche et organismes offrant des subventions, à développer et favoriser la recherche en santé publique;
7° à établir des liens avec différentes organisations, à l’échelle canadienne et internationale, de manière à favoriser la coopération et l’échange de connaissances;
8° à exécuter tout autre mandat d’expertise en santé publique que lui confie le ministre.